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O novo órgão, que permaneceu vinculado à Fiocruz, passou a ter como missão auxiliar o Ministério da Saúde no desenvolvimento, coordenação e avaliação das ações integradas voltadas a área de saúde da mulher, da criança e do adolescente.

Texto "O percurso da Humanização no IFF", escrito por pesquisadoras da casa.

Com o objetivo de qualificar os profissionais de saúde para produzirem condutas eficazes nas questões relacionadas à violência contra a criança e o adolescente, é criado, em 2000, o Núcleo de Apoio aos Profissionais que atendem maus-tratos (NAP).

Em 2011, o IFF passa a coordenar, em parceria com a Política de Nacional de Humanização (PNH), a Rede Cegonha Brasil.

O projeto Grupo de Acolhimento e Preparação de Crianças em Processos Cirúrgico, desenvolvido em 2007, tem como objetivo promover a saúde e acompanhar crianças atendidas nas enfermarias e ambulatórios do Instituto Fernandes Figueira.

Em 2001, é iniciado o Programa de Assistência Domiciliar Interdisciplinar (PADI), um serviço direcionado ao atendimento às crianças em assistência domiciliar. Em 2006, o PADI completa 5 anos.

Matéria sobre o lançamento do portal de Boas Práticas em Saúde da Mulher, da Criança e do Adolescente do IFF/Fiocruz. Tal iniciativa integrada por instituições de ensino e pesquisa no país tem como objetivo disseminar conhecimento para uma melhoria da prática clínica nas área da sáude da mulher, da criança e do adolescente, assim como proporcionar um espaço de debate sobre temas relacionados à prática clínica

Matéria sobre a criação pela Terapeuta Ocupacional Denise Hora, de um dispositivo postural para auxiliar no posicionamento sentado de crianças com disfunção neuromotora.

Matéria da Agencia Fiocruz de Notícias sobre Projeto de Leitura para recém-nascidos em UTI neonatal. Tal projeto foi criado com o intuíto de promover a formação do vínculo entre mãe e bebê em situação de intervenção médico-hospitalar.

Matéria sobre implementação do curso de atualização intersetorial desenvolvido por equipe do IFF para o Una-SUS sobre atenção às crianças com alterações relacionadas ao Zika e Storch